Statens Serum Institut (SSI) søger en Seniorforsker med stærk ekspertise inden for bioinformatiske analyser, molekylær mikrobiologi og antibiotikaresistens, særligt med fokus på plasmidbåren resistens i bakterier typisk involveret i hospitalserhvervet infektioner.

Om det National Reference Laboratorie for Antimikrobiel Resistans
Stillingen er placeret ved Nationalt Reference Laboratorie for Antimikrobiel Resistens (NRL-AMR), som er en del af Afdelingen for Bakterier, Parasitter og Svampe. Sektionen overvåger bakterielle infektioner hos mennesker og antibiotikaresistens.

Som en del af NRL-AMR vil du indgå i et tværfagligt team, der omfatter bioinformatikere, data scientists, læger, dyrlæger, mikrobiologer, molekylærbiologer og laboranter. Sektionen består af ca. 30 medarbejdere, der arbejder med forskning, undervisning, udvikling af bioinformatiske metoder til understøttelse af resistensovervågning nationalt og globalt. Med stillingen ønsker viat styrke vores forskning indenfor mikrobiel evolution og spredning af resistens, med fokus på plasmidbåret resistens i hospitalserhvervet infektioner. I stillingen vil der være tæt samarbejde med de øvrige akademikere i afdelingen og bredere på SSI.

Din hverdag hos os
Som Seniorforsker vil du have en central rolle i at styrke vores forskningsindsats inden for genom-analyser af resistente bakterier, samt karakterisering og sporbarhed af plasmidbåret antibiotikaresistens. Dit arbejde vil spænde over flere centrale områder, hvor du vil få ansvar for selvstændige forskningsprojekter samt indgå i sektionens opgaver indenfor overvågning og undervisning. Først og fremmest vil du få mulighed for at arbejde med:

• Etablering og ledelse af forskningsprojekter: Initiere, planlægge og lede projekter, der fokuserer på analyse af mikrobielle genomer i relation til udbrud resistente bakterier.
• Udvikling og implementering af bioinformatiske metoder til sporing af plasmider og mobile genetiske elementer i kliniske bakterieisolater, herunder typning og evolutionær analyse af plasmider.
• Sporing af antibiotikaresistens i hospitalsudbrud via hel-genomsekventering (WGS) og fylogenetiske analyser, med fokus på at kortlægge plasmidmedieret transmission.
• Karakterisering af plasmidbårne resistensgener og deres rolle i spredning af resistens i sundhedssektoren, herunder kobling af resistensprofiler til epidemiologiske data.
• Samarbejde med nationale og internationale referencecentre om genomisk epidemiologi og AMR-overvågning, herunder bidrag til udviklingen af bioinformatiske workflows til plasmid- og resistensanalyse.
• Vejledning og supervision: Undervise og vejlede studerende samt udenlandske gæster
• Vidensformidling: gennem publikationer i internationale tidsskrifter, præsentationer på konferencer, deltagelse i internationale arbejdsgrupper.

Din uddannelse, erfaring og personlige kvalifikationer
Vi søger en kandidat med relevant akademisk baggrund og stærk ekspertise indenfor molekylær mikrobiologi, antibiotikaresistens og bioinformatik, med særlig fokus på plasmider og plasmidbårne resistensgener. Du har en dybdegående forståelse af mikrobielle genomer, plasmiders rolle i resistensspredning, bioinformatik og dataanalyse samt evnen til at formidle viden på tværs af faggrupper.

Vi forventer, at du har:

• Ph.d. i molekylær mikrobiologi, bioinformatik eller et relateret felt, med fokus på genomanalyser og antibiotikaresistens.
• Post-Ph.d.-erfaring i en forskerstilling med dokumenteret aktiv forskning og tværfaglige samarbejder.
• Dokumenteret relevant forskningserfaring, herunder peer-reviewed artikler inden for antibiotikaresistens, plasmidbiologi og epidemiologi, i medium-/high-impact videnskabelige tidsskrifter.
• Erfaring med at skrive fondsansøgninger.

For at få succes i denne stilling kræver det, at du har en solid og relevant faglig baggrund. Vi søger derfor en kandidat, der har omfattende erfaring inden for flere områder:

• Next-generation sequencing (NGS) teknologier som Illumina og Oxford Nanopore, herunder anvendelse til mikrobielle genomanalyser, udbrudssporing og plasmidtypning, samt brug af state-of-the-art bioinformatiske værktøjer.
• Fylogenetiske analyser, herunder fortolkning af data til kortlægning af evolutionen af mikrobielle patogener og plasmidoverførsel.
• Analyse af store genomiske datasæt samt udvikling af bioinformatiske pipelines og databaser til plasmid- og WGS-analyser, med fokus på resistensspredning.
• Karakterisering af plasmider, herunder identifikation af plasmidbårne resistensgener, sporbarhed i hospitalsmiljøer og forståelse af plasmidrelateret evolution.
• Vidensdeling og formidling, herunder stærke kommunikationsevner og erfaring med undervisning, præsentation af forskning, tværfaglige samarbejder og publicering i internationale tidsskrifter, samt træning af forskere i bioinformatik og AMR-overvågning.

Derudover forventer vi, at du er proaktiv og har gode samarbejdsevner.

Vi tilbyder
Et spændende og udfordrende job, på et internationalt anerkendt institut, hvor faglig udvikling, sparring og oplæring prioriteres højt. Hverdagen er præget af udfordringer, spændende data og med et mål om at gøre en forskel – et opsæt hvor samarbejde med flere faggrupper er en nødvendighed.

Vi er en familievenlig arbejdsplads med en 37 timers arbejdsuge inkl. frokostpause. Derudover har vi bl.a. en aktiv idrætsforening med motionslokaler og en personaleforening. Vi er centralt beliggende i København med gode offentlige transportmuligheder (bus og metro).

Om ansættelsen
Du bliver ansat som Seniorforsker efter gældende overenskomst mellem Skatteministeriet og Akademikernes Centralorganisation.

Med henblik på bedømmelse af de forskningsmæssige kvalifikationer indsendes en publikationsliste og 3-5 videnskabelige arbejder. De forskningsmæssige kvalifikationer vil blive bedømt af et fagkyndigt udvalg nedsat i henhold til gældende stillingsstruktur for videnskabeligt personale med forskningsopgaver ved sektorforskningsinstitutioner.

Kontakt os gerne
Få mere at vide om stillingen ved at ringe til Afsnitsleder Anders Rhod Larsen, på +45 3268 8674 eller ARL@ssi.dk.

Er du interesseret?
Klik på "søg stillingen" og send os din ansøgning med CV og eksamensbevis. Samtaler forventes afholdt i uge 33.