Chefkonsulent/Senior bioinformatiker til HPC- og analyseværktøjer
fuldtid
Chefkonsulent/Senior bioinformatiker til HPC- og analyseværktøjer
Har du erfaring med High Performance Computing og store datamængder? Er du skarp til at analysere genomdata og andre sundhedsdata? Og kunne du tænke dig at understøtte behandlinger og forskning inden for personlig medicin? Så er du måske vores nye chefkonsulent i enheden for HPC drift og support i Nationalt Genom Center
Om Nationalt Genom Center (NGC)
Nationalt Genom Center indsamler data om danskernes genomer i en sikker national infrastruktur, stiller analyser og data til rådighed for læger, forskere og patienter og fremmer ny viden om personlig medicin i ind- og udland. Målet er at gøre Danmark til et af de førende lande på området til gavn for behandling og forebyggelse af alvorlige og livstruende sygdomme. Nationalt Genom Center er en del af Sundhedsdatastyrelsen under Indenrigs- og Sundhedsministeriets koncern. Du kan finde mere information om Nationalt Genom Center her: www.ngc.dk.
Din hverdag hos os
Som erfaren og selvstændig bioinformatiker, vil du bidrage til både forskning og klinisk praksis inden for personlig medicin og helgenomanalyse.
Du har en central rolle i at sikre, at vores HPC (High Performance Computer) faktisk kan bruges af klinikere og forskere til banebrydende analyser – blandt andet ved at kompilere og vedligeholde bioinformatiske værktøjer og open source-moduler, samt yde teknisk support til forskere og klinikere.
Du vil blandt andet supportere NGC’s softwaremoduler og Nextflow-pipelines, og have næsten daglig kontakt med vores HPC-brugere – herunder primært klinikere og forskere. Du arbejder endvidere tæt sammen med udviklere og driften omkring genomdatabasen, for at sikre at infrastrukturen samlet set giver værdi for både forskning og klinik.
Dine primære arbejdsopgaver:
Du har en lang videregående uddannelse inden for fx it eller bioinformatik. Det er afgørende, at du har teknisk indsigt og erfaring med Nextflow, software moduler og Lmod.
Vi forventer, at du har:
Vi tilbyder et inspirerende, afvekslende og motiverende job i en organisation under udvikling med dygtige og engagerede kollegaer. Du vil være centralt placeret i organisationen med en bred kontaktflade til såvel vores brugere som tekniske og administrative kollegaer samt eksterne samarbejdspartnere.
Du kommer til at arbejde med et fagligt område, der har stor bevågenhed, og du vil - i tæt samarbejde med dine kolleger - bidrage til implementeringen af de fremmeste teknologier på sundhedsområdet samt til ny viden om alvorlige og livstruende sygdomme. Vores officielle arbejdssprog er dansk, men en række kollegaer foretrækker at kommunikere på engelsk.
Om ansættelsen
Du bliver ansat i henhold til den til enhver tid gældende overenskomst mellem Finansministeriet og Akademikernes Centralorganisation.
Kontakt os gerne
Få mere at vide om stillingen ved at ringe til chefkonsulent Nicolas Rapin på 24832057 eller It-driftschef Jacob Gemmer Gasberg Drasbeck på 23827469.
Er du interesseret?
Klik på "søg stillingen" og send os din ansøgning med CV og eksamensbevis. Ansættelsessamtaler forventes afholdt i uge 41. Du kan læse mere om os på www.ngc.dk.
Om Nationalt Genom Center (NGC)
Nationalt Genom Center indsamler data om danskernes genomer i en sikker national infrastruktur, stiller analyser og data til rådighed for læger, forskere og patienter og fremmer ny viden om personlig medicin i ind- og udland. Målet er at gøre Danmark til et af de førende lande på området til gavn for behandling og forebyggelse af alvorlige og livstruende sygdomme. Nationalt Genom Center er en del af Sundhedsdatastyrelsen under Indenrigs- og Sundhedsministeriets koncern. Du kan finde mere information om Nationalt Genom Center her: www.ngc.dk.
Din hverdag hos os
Som erfaren og selvstændig bioinformatiker, vil du bidrage til både forskning og klinisk praksis inden for personlig medicin og helgenomanalyse.
Du har en central rolle i at sikre, at vores HPC (High Performance Computer) faktisk kan bruges af klinikere og forskere til banebrydende analyser – blandt andet ved at kompilere og vedligeholde bioinformatiske værktøjer og open source-moduler, samt yde teknisk support til forskere og klinikere.
Du vil blandt andet supportere NGC’s softwaremoduler og Nextflow-pipelines, og have næsten daglig kontakt med vores HPC-brugere – herunder primært klinikere og forskere. Du arbejder endvidere tæt sammen med udviklere og driften omkring genomdatabasen, for at sikre at infrastrukturen samlet set giver værdi for både forskning og klinik.
Dine primære arbejdsopgaver:
- Kompilere, teste og optimere bioinformatiske værktøjer og softwaremoduler til brug på HPC-miljøer
- Arbejde med Nextflow-workflows og Lmod-baseret modulstyring
- Forstå og omsætte brugerbehov til tekniske løsninger
- Arbejde selvstændigt med analyser og pipelines, men også yde support og sparring
- Bidrage til udvikling af infrastrukturer, dokumentation og best practices
- Kompilering og package manager: Især EasyBuild, men også Spack eller Nix er en fordel.
- Programmering og scripting: Python, Bash, R og gerne andre
- Workflow management: Nextflow, Snakemake
- Modulstyring: Lmod, Environment Modules
- Bioinformatik-værktøjer: BWA, GATK, SAMtools, bcftools, FastQC, MultiQC, m.m.
- Dataformater: FASTQ, BAM/CRAM, VCF, GFF/GTF
- Metadata-standarder og datamodeller: GA4GH, MIxS, ISA-tab / ISA-JSON, FHIR, EDAM Ontology eller andre relevante
- HPC og cluster-miljøer: MoaB/TORQUE, SLURM, PBS, Singularity/Apptainer
- Versionstyring og CI/CD: Enhver ITSM-system, Git, GitLab CI
- Container-teknologier: Docker, Singularity
- OS og systemer: Linux (CentOS, Ubuntu), SSH, NFS
Du har en lang videregående uddannelse inden for fx it eller bioinformatik. Det er afgørende, at du har teknisk indsigt og erfaring med Nextflow, software moduler og Lmod.
Vi forventer, at du har:
- En relevant akademisk baggrund, fx inden for bioinformatik, datalogi, molekylærbiologi, bioteknologi eller beslægtede områder
- Minimum 3-5 års erfaring med bioinformatik i forsknings- eller klinisk kontekst, gerne med fokus på personlig medicin og helgenomanalyse
- Dokumenteret erfaring med HPC-miljøer, workflow management og softwarekompilering
- Erfaring med at understøtte brugere, fx forskere og klinikere, og kan omsætte deres behov til tekniske løsninger
- Er engageret og motiveret for at arbejde med store datamængder og sundhedsteknologi
- Du har gode samarbejdsevner og kommunikerer klart med både tekniske og ikke-tekniske kolleger
- Du er nysgerrig og løsningsorienteret, og har lyst til at være med til at udvikle og forbedre infrastrukturen omkring genomdata og analyseværktøjer
- Trives med egne selvstændige opgaver og samtidig kan indgå i en fælles arbejdsproces
Vi tilbyder et inspirerende, afvekslende og motiverende job i en organisation under udvikling med dygtige og engagerede kollegaer. Du vil være centralt placeret i organisationen med en bred kontaktflade til såvel vores brugere som tekniske og administrative kollegaer samt eksterne samarbejdspartnere.
Du kommer til at arbejde med et fagligt område, der har stor bevågenhed, og du vil - i tæt samarbejde med dine kolleger - bidrage til implementeringen af de fremmeste teknologier på sundhedsområdet samt til ny viden om alvorlige og livstruende sygdomme. Vores officielle arbejdssprog er dansk, men en række kollegaer foretrækker at kommunikere på engelsk.
Om ansættelsen
Du bliver ansat i henhold til den til enhver tid gældende overenskomst mellem Finansministeriet og Akademikernes Centralorganisation.
Kontakt os gerne
Få mere at vide om stillingen ved at ringe til chefkonsulent Nicolas Rapin på 24832057 eller It-driftschef Jacob Gemmer Gasberg Drasbeck på 23827469.
Er du interesseret?
Klik på "søg stillingen" og send os din ansøgning med CV og eksamensbevis. Ansættelsessamtaler forventes afholdt i uge 41. Du kan læse mere om os på www.ngc.dk.