Har du erfaring med bioinformatisk analyse af metagenomiske sekvensdata samt opsætning og udvikling af R-Shiny Dashboards. Kunne du tænke dig at arbejde med bioinformatiske værktøjer inden for molekylær virologi? Så er det muligvis dig vi søger i Virus Genomics sektionen på Statens Serum Institut (SSI).

Jobbets indhold

Vi søger en akademisk medarbejder, der kan bistå i analysen af metagenomiske sekvensdata fra kliniske prøver samt overvågningsprøver af eksotiske virus. Derudover bliver en kerneopgave at vedligeholde samt udvikle interne Shiny Dashboards som blandt andet bruges til overvågning af SARS-CoV-2 varianter.

Dine primære arbejdsopgaver:

• Udvikle og vedligeholde interne Shiny Dashboards til brug for overvågning af eksotiske virus.
• Deltage i opsætning, analyse og drift af bioinformatiske databaser til brug for overvågningen og afrapportering af Sars-CoV-2.
• Deltage i andre undersøgelser og opgaver i sektionen, såsom undersøgelser og afrapportering af virus evolution, samt metagenomiske undersøgelser af patientmaterialer og miljøprøver herunder spildevand.
• Bidrage til den fortsatte udvikling og vedligehold som understøtter sektionens og afdelingens bioinformatiske aktiviteter.
• Deltage i relevante møder og konferencer.
• Indgå i et netværk med bioinformatikere fra andre dele af Statens Serum Institut.
• Deltage I møder, symposier og konferencer af relevans for sektionen og afdelingen.

Din baggrund

Vi forestiller os, at du er uddannet bioinformatiker, biokemiker, molekylærbiolog eller lignende.

Vi ser gerne, at du har:

• Dokumenteret erfaring med udvikling og opsætning af Shiny Dashboards.
• Dokumenteret erfaring og kendskab til programmering f.eks. Python og BASH.
• Erfaring med Unix platformen.
• Kendskab til bioinformatiske analyser af NGS data i forbindelse med detektering/karakterisering af DNA og RNA virus.

Som person forventer vi, at du har gode samarbejdsevner. Derudover trives du i et miljø, hvor opgaverne er af stor samfundsmæssig relevans, og hvor der ofte er korte deadlines.

Om afdelingen for Virologi & Mikrobiologisk Beredskab
Som vores nye kollega bliver du en del af Afdelingen for Virologi & Mikrobiologisk Beredskab, hvor vi udfører forskning, overvågning og diagnostik af virusinfektioner hos både mennesker og dyr.
Afdelingen fungerer som det nationale referencelaboratorium for human og veterinær virologi og er national WHO center for influenza, COVID-19, poliovirus samt mæslinger/røde hunde.

Stillingen er forankret i Virus Genomics sektionen, hvor vi udfører overvågning og genom-karakterisering af en bred vifte af virus.
Vi udvikler NGS-baserede analyser til virus fra kliniske og miljømæssige prøver, udfører HIV-resistensbestemmelse og overvåger enterovirus og andre patogener.

Sektionen udvikler desuden bioinformatiske værktøjer, der styrker det nationale beredskab og udbrudsrespons.

Om ansættelsen

Du bliver ansat efter gældende overenskomst mellem Finansministeriet og Akademikernes Centralorganisation.

Kontakt os gerne
Få mere at vide om stillingen ved at kontakte afsnitsleder Morten Rasmussen på mot@ssi.dk, eller tlf.: 3268 8980.

Er du interesseret?

Klik på "søg stillingen" og send os din ansøgning med CV og eksamensbevis. Ansættelsessamtaler forventes afholdt i uge 2 Du kan læse mere om ansøgningsprocessen her