Har du erfaring med typning og fuldgenomsekvensering af bakterier? Er du velbevandret i mikrobiologiske kvalitetsprogrammer? Er du skarp til at udarbejde rapporter ved brug af Python? Så er du måske den kollega vi søger til Statens Serum Institut.

Jobbets indhold
Din primære arbejdsopgave bliver at deltage i organiseringen af eksterne kvalitetssikringsprogrammer (EQA) vedr. karakterisering, typning og antibiotikaresistens i fødevarebårne bakterier. EQA-materialet udsendes til referencelaboratorier i hele Europa. Dette indebærer både håndtering af store datasæt og mere specielle analyser af DNA-sekvenser, som serotyping, clusteranalyser og kvalitetskontrol.

En del af dit arbejde vil være af administrativ karakter, fx udsendelse af materiale, kommunikation med deltagende laboratorier, udarbejdelse af surveys og guidelines til analyse- og svarafgivelse, udarbejdelse af rapporter, mm. Du vil desuden blive involveret i sektionens øvrige opgaver, herunder diverse analyser af bakteriegenom-sekvenser, bidrage til kodning af nye analyse-pipelines, små og store programmeringsopgaver.

Din baggrund
Vi forventer, at du har en relevant akademisk kandidatuddannelse inden for det naturvidenskabelige felt.

Dertil ser vi gerne, at du har erfaring med:

• Typning og fuldgenomsekvensering af bakterier.
• Eksterne kvalitetssikringsprogrammer.
• Erfaring inden for kvalitetskontrol (QC) af data og analyser.
• Bioinformatiske analyser, herunder SNP, cgMLST og antimikrobiel resistens (AMR).
• Solid erfaring med objektorienteret programmering i Python, med fokus på struktur, test, optimering og effektiv fejlfinding i kode.
• Erfaring med automatiserede rapporteringsløsninger til præsentation af analyseresultater.
• Erfaring med scripting i Bash og R samt udvikling af automatiserede workflows i Unix/Linux-miljøer.
• Databaser (Access og SQL).
• Spørgeskemaprogrammet SurveyXact.

Du skal desuden være god til at arbejde systematisk med store datasæt, analysere data og skrive rapporter på engelsk. Det er derfor vigtigt, at du problemfrit kan kommunikere professionelt på engelsk mundtligt såvel som skriftligt. Du skal derudover kunne samarbejde med laboranter og andre akademikere, samt være i stand til at indgå et team som arbejder med stramme deadlines.

Vi tilbyder
Dine evner og dit engagement bidrager til at løse vores fælles kerneopgave.

SSI er en arbejdsplads, der er internationalt anerkendt for at løse nationale og globale sundhedsopgaver. Du bliver en del af en organisation med 900 medarbejdere, der løfter meningsfulde opgaver, som styrker menneskers og dyrs sundhed gennem forskning og beredskab.

Vores hverdag er præget af mange forskelligartede opgaver, åbne døre og et bredt samarbejde med engagerede og dygtige kollegaer. Du får mulighed for en fleksibel hverdag med en god balance mellem arbejde og fritid, da SSI er en arbejdsplads med en 37-timers arbejdsuge inkl. frokostpause, flekstidsaftale.

På SSI har vi en aktiv personale- og idrætsforening (IK-SERA) med holdtræning og motionslokaler, fredagsbar og forskellige sociale arrangementer – og vores Campus rummer endda både tennisbaner og egen børneinstitution. SSI er placeret centralt beliggende i København med grønne arealer og gode offentlige transportmuligheder (bus og metro) og har fri parkering på området.

Din kommende Sektion
I Afdeling for Bakterier, Parasitter og Svampe, Sektion for Fødevarebårne Infektioner, søger vi en akademiker med erfaring inden for bioinformatik og mikrobiologi. Du vil blive en del af et velfungerende team på 17 akademikere og 9 laboranter, der arbejder med overvågnings- og forskningsopgaver inden for diagnostik, typning, antimikrobiel resistens og epidemiologi af patogene bakterier.

Lyder jobbet som noget for dig?
Send os dit CV og ansøgning, også selvom du ikke opfylder alle vores forventninger til kriterier eller erfaring. Vi beder dig om ikke at indsætte et foto i dit CV, da vi bestræber os for en mere inkluderende rekrutteringsproces med lige muligheder for alle vores jobansøgere.

Vi forventer at afholde samtaler fra uge 2.

Har du yderligere spørgsmål til stillingen eller ansøgningsprocessen kan du kontakte mig sektionsleder Eva Møller Nielsen på tlf. 3268 3644 eller bioinformatiker Kristoffer Kiil på tlf.3268 3396. Du kan læse mere om, hvordan du ansøger og rekrutteringsforløbet på Job på SSI.

Dine ansættelsesvilkår
Du bliver ansat som akademisk medarbejder efter gældende overenskomst mellem Skatteministeriet og Akademikernes Centralorganisation.

Vi ser frem til at høre fra dig.